5 sierpnia 1944 r. na ulicach, w podwórzach, domach, fabrykach i szpitalach Woli rozpoczęła się zorganizowana masakra polskiej ludności cywilnej. Niemcy rozpoczęli trwającą trzy dni akcję wyniszczania miasta, która była odpowiedzią na wybuch Powstania Warszawskiego. Zbrodnia do dziś pozostała nierozliczona.
Konsekwencją rozmowy między Hitlerem a Himmlerem był wydany jeszcze tego samego dnia jednoznaczny rozkaz: „Każdego mieszkańca należy zabić, nie wolno brać żadnych jeńców, Warszawa ma być zrównana z ziemią i w ten sposób ma być stworzony zastraszający przykład dla całej Europy”.
Rano 5 sierpnia siły podległe Reinefarthowi rozpoczęły atak na Wolę. Prawdopodobnie podczas odprawy dowódców o poranku SS-Gruppenführer zacytował rozkaz Himmlera o zniszczeniu miasta lub (według innych świadków) uzasadnił mordowanie ludności cywilnej i powstańców koniecznością szybkiego udzielenia pomocy „dzielnicy rządowej” w okolicy Alei Ujazdowskich oraz informacjami o rzekomym brutalnym mordowaniu jeńców. Atak na Wolę poprzedziły również naloty Luftwaffe, która dzięki doskonałej pogodzie mogła bez żadnych przeszkód operować nad Warszawą.
Do największych egzekucji doszło koło wału kolejowego przy ul. Moczydło w rejonie ul. Górczewskiej, a także przy Wolskiej, w parku Sowińskiego oraz w fabrykach „Ursus” i Franaszka przy Wolskiej.
Cywilów mordowano z broni maszynowej lub wrzucano granaty do zamieszkanych domów, które później podpalano. Osoby, którym udało się uciec, zabijano, a zwłoki wrzucano do płonących budynków. Wielu mieszkańców schroniło się w piwnicach kościoła św. Wawrzyńca i cerkwi św. Jana Klimaka na Wolskiej. Egzekucje przeprowadzano też przy starym wale fortecznym oraz na cmentarzu prawosławnym. Niemcy nie mieli litości nad nikim. Mordowali osoby starsze, mężczyzn, kobiety i dzieci.
Większości zbrodni dokonywano w kamienicach lub na ich podwórkach.
,,5 sierpnia Niemcy weszli na nasze podwórze w liczbie kilkunastu, a kilku weszło do naszego domu i kazali wychodzić. Wielu sąsiadów z naszego posłuchało tego rozkazu, ale ktokolwiek z nich pokazał się na podwórzu, zaraz otrzymywał strzał w głowę i walił się na ziemię. Znajdując się w swoim mieszkaniu, zauważyłem to i zdecydowałem się nie spieszyć
- zeznawał w 1946 r. Stanisław Raczyński zamieszkały przy Wolskiej 109.
,,Razem z dziećmi znalazłam się w zajezdni [tramwajowej - przyp. red.] w tłumie ok. 200 osób, przeważnie kobiet i dzieci oraz kobiet ciężarnych [...]. Z karabinu maszynowego Niemcy otworzyli ogień do naszej stłoczonej grupy. Po pierwszej salwie ze stłoczonego tłumu zaczęli się podnosić ranni, a wówczas Niemcy rzucali w tłum granaty ręczne [...]. Aż do zmroku podchodzili do leżących Niemcy, celując do poruszających się równocześnie z żartami i śmiechami, zwłaszcza gdy ranny został trafiony.
Janina Rozińska
Symbolem zbrodni, nawet w czasach gdy Rzeź Woli była niemal przemilczana, stała się Wanda Lurie, nazywana Polską Niobe. W trakcie pacyfikacji Powstania Warszawskiego, będąc w dziewiątym miesiącu ciąży, przeżyła egzekucję i rozstrzelanie trójki swoich dzieci. Kolumna uchodźców, w której znalazła się Wanda Lurie, została skierowana na ul. Wolską, pod numer 55, do fabryki „Ursus”, z której słychać było salwy.
Kula trafiła ją w kark, przeszła przez dolną część czaszki i wyszła przez prawy policzek, wybijając kilka zębów. Podczas dobijania otrzymała trzy postrzały - w obie nogi. Ciężarną Wandę Lurie przywaliła sterta trupów. Pod wieczór żołnierz niemiecki szukając kosztowności, stanął na jej ciele, uszkadzając lewą kostkę i krusząc obojczyk. Po wielu godzinach dzięki pomocy innych ocalonych dotarła do kościoła św. Wojciecha, a następnie do obozu w Pruszkowie i szpitala w Leśnej Podkowie. 20 sierpnia urodziła syna. W 1945 r. liczbę ofiar tej egzekucji oszacowano na 8 tys. Na miejscu znaleziono ponad tonę spalonych szczątków.
Eksterminacja mieszkańców Woli trwała również na terenie Szpitala Wolskiego. Niemcy zamordowali dyrektora placówki dr. Józefa Piaseckiego, chirurga prof. Janusza Zeylanda i kapelana szpitala ks. Kazimierza Ciecierskiego. Pozostałych pracowników i pacjentów wypędzono na ulicę, skąd w eskortowanej kolumnie zostali skierowani do hal na terenie warsztatów kolejowych przy ul. Moczydło. Większość została później rozstrzelana na znajdującym się w pobliżu nasypie kolejowym. Łącznie zginęło wówczas ok. 360 osób.
W szpitalu dochodziło również do wielu gwałtów i morderstw. Do niektórych z nich doszło już po zakończeniu rzezi.
,,8 sierpnia SS-mani grupy bojowej gen. Dirlewangera przyprowadzili na teren szpitala dwóch powstańców (w wieku ok. 18 lat), kazano im zdjąć buty, porwano na nich mundury wojskowe polskie i zerwano czapki z orzełkami. Uczyniwszy z nich w ten sposób oberwańców, kazano im trzymać między sobą flagę czerwoną z białym orłem, po czym fotografowano ich, a następnie zostali powieszeni na drzewie między kuchnią a oddziałem dla chorych i znowu fotografowani. Zdjęci zostali dopiero po kilku godzinach, po kilkukrotnej interwencji polskiej dyrekcji szpitala
- wspominał cytowany już świadek zbrodni.
Dokładna liczba ofiar Rzezi Woli pozostaje wciąż nieznana. Według szacunków historyków mogło to być od 40 do 60 tys. osób. Wedle szacunków opartych na zeznaniach i dokumentach zgromadzonych w archiwach Głównej Komisji Badania Zbrodni Hitlerowskich w Polsce w sobotę 5 sierpnia na Woli zamordowano 45 500 osób. Następnego dnia: 10 100. 7 sierpnia na terenach Woli sąsiadujących ze Śródmieściem (lub niekiedy zaliczanych do Śródmieścia) Niemcy zabili 3800 osób. Ustalenie dokładnej liczby ofiar nigdy nie będzie możliwe m.in. ze względu na zatarcie śladów zbrodni przez palenie ciał.
Wiosną 1945 r. rozpoczęły się ekshumacje pomordowanych mieszkańców Woli. Dokumenty Miejskiego Zakładu Pogrzebowego oraz Okręgowej Komisji Badania Zbrodni Niemieckich wymieniają w miarę dokładnie ilość popiołów odnalezionych w miejscach masowych egzekucji lub palenia ciał. W drugą rocznicę rzezi na Cmentarzu Powstańców Warszawy złożono 12 ton prochów. Niemal przez trzydzieści lat teren cmentarza był zaniedbany, a jedynym upamiętnieniem była metalowa tablica ustawiona obok kurhanu z napisem: „Tu spoczywają prochy tysięcy ofiar faszyzmu hitlerowskiego zamordowanych i spalonych w Warszawie 1944 r.”.
W 1946 r. po raz pierwszy użyto określenia „Rzeź Woli„. Jego autorami są redaktorzy wydanego przez Instytut Zachodni w Poznaniu zbioru zeznań świadków zbrodni z sierpnia 1944: „Zbrodnia niemiecka w Warszawie”.
W okresie PRL także inne miejsca pamięci o Rzezi Woli były niedostatecznie upamiętnione. Większość punktów masowych egzekucji oznaczono tzw. tablicami Tchorka. Wiele zamieszczonych na nich informacji jest nieprecyzyjnych lub pozbawionych kontekstu. Dopiero w 2004 r. odsłonięto Pomnik Ofiar Rzezi Woli na skwerze przy rozwidleniu alei Solidarności i ulicy Leszno. Dziesięć lat później, 5 sierpnia 2014 r., odsłonięto nowy, okazały pomnik na obszarze masowych egzekucji przy Górczewskiej 32 (5 sierpnia 1945 r. z inicjatywy ocalałych z egzekucji pracowników Szpitala Wolskiego postawiono tam krzyż). W roku 2010 Rada Warszawy ustanowiła 5 sierpnia Dniem Pamięci Mieszkańców Woli.
Reinefarth, von dem Bach i Dirlewanger zostali po stłumieniu powstania uhonorowani przez Hitlera. Wódz III Rzeszy nadał im wysokie odznaczenia wojskowe: von dem Bach-Zelewski i Dirlewanger otrzymali Krzyże Rycerskie Krzyża Żelaznego, a Reinefarth - Liście Dębowe do Krzyża Rycerskiego Krzyża Żelaznego. Poza Dirlewangerem, który w niewyjaśnionych okolicznościach został zamordowany po wzięciu do francuskiej niewoli, żaden z głównych odpowiedzialnych za zbrodnie popełnione na Woli nie poniósł jakiejkolwiek odpowiedzialności. Von dem Bacha skazano za inne zbrodnie, m.in. zabójstwa niemieckich komunistów i udział w nocy długich noży. Inaczej potoczyły się losy Reinefartha: już w 1951 r. został burmistrzem miasteczka Westerland na wyspie Sylt, a potem posłem do Landtagu. Zmarł w roku 1979.